公司间股权转让程序有：
1.股东按照公司章程和法律规定转让股权，对外转让股权需要其他股东过半数同意；
2.公司收回原股东的出资证明书，向新股东签发新的出资证明书；
3.修改公司章程和股东名册；
4.办理股权变更登记，修改后的公司章程需要进行备案。
由于股东转让股权后，原股东不再对转让股权享有分红权益，而是瞬间将股权转变成财产，因此，股权转让过程中，转让方需要交纳各种税费。
如果转让方是个人，要交纳个人所得税，按照20%缴纳。如果转让方是公司，则需要涉及的税费较多，具体包括：企业所得税、增值税、契税、印花税等等。
找法网提醒您，股权转让协议一般包括下列内容：
1.当事人双方基本情况，包括转让方与受让方的名称、住所、法定代表人的姓名、职务、国籍等；
2.协议中约定双方当事人拥有的权利和应承担的义务；
3.其他约定事项，如违约责任、争议解决方式等。
《中华人民共和国公司法》第七十一条【股权转让】有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。
公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。
