农村自建房超建违法的处理方式是：由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋，逾期未拆除的可以申请人民法院强制执行，费用由违法者承担。
《土地管理法》第七十八条农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋。
超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
房屋过户的时间一般会在3个月左右。因为法律规定，房地产转让当事人会在房地产转让合同签订后90日内持有房地产权属证书、当事人的合法证明、转让合同等文件向房地产所在地的房地产管理部门提出申请，房地产管理部门对提供的文件进行审查，符合条件的核发房地产权属证书。
找法网提醒您，《城市房地产转让管理规定》第七条房地产转让，应当按照下列程序办理：
（一）房地产转让当事人签订书面转让合同；
（二）房地产转让当事人在房地产转让合同签订后90日内持房地产权属证书、当事人的合法证明、转让合同等有关文件向房地产所在地的房地产管理部门提出申请，并申报成交价格；
（三）房地产管理部门对提供的有关文件进行审查，并在7日内作出是否受理申请的书面答复，7日内未作书面答复的，视为同意受理；
（四）房地产管理部门核实申报的成交价格，并根据需要对转让的房地产进行现场查勘和评估；
（五）房地产转让当事人按照规定缴纳有关税费；
（六）房地产管理部门办理房屋权属登记手续，核发房地产权属证书。
房屋过户需要收取的税费有：1.5%的契税；0.05%的印花税；3元/平的交易费；1.36 元/平的测绘费；200元权属登记费取证费；房产交易盈利部分20%或者房款1%的个人所得税等。
法律规定，纳税人应当自纳税义务发生之日起10日内，向土地、房屋所在地的契税征收机关办理纳税申报，并在契税征收机关核定的期限内缴纳税款。
