申请行政赔偿的程序：
1.当事人提出申请赔偿与法院进行受理立案；
2.法院相关部门进行审理审查；
3.法院对负有行政赔偿的行政机关负责赔偿；
4.负有赔偿的行政机关负责赔偿决定的执行。
行政赔偿和刑事赔偿在程序上的区别是：
1.不同的赔偿义务机关。刑事赔偿义务机关是各级公安机关、国家安全机关、人民检察院、人民法院、军事保卫部门、拘留所、监狱管理机关及其工作人员；行政赔偿义务机关为各级行政机关及其工作人员；
2.赔偿范围不同。刑事赔偿范围是以行使刑事诉讼法规定的职权为基础的对公民、法人和其他组织的人身、财产损害的赔偿，如错误的刑事拘留、错误逮捕、错误判断、刑讯逼供或者在刑事程序中非法查封、扣押、冻结、追回财产；行政赔偿范围是基于各种具体行政行为造成的人身、财产损害赔偿责任；
3.赔偿程序不同。刑事赔偿申请人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求；行政赔偿申请人应当先向赔偿义务机关提出赔偿要求，也可以在申请行政赔偿复议和提起行政诉讼时一并提出，但不得直接向赔偿义务机关提起诉讼。
行政赔偿诉讼是不适用不调解原则的规定。虽然法律规定行政案件法院是不可以进行调解的，但是对于行政赔偿诉讼，是可以进行调解处理的。对此《行政诉讼法》明确规定，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。
找法网提醒您，《行政诉讼法》第六十条
人民法院审理行政案件，不适用调解。但是，行政赔偿、补偿以及行政机关行使法律、法规规定的自由裁量权的案件可以调解。调解应当遵循自愿、合法原则，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
