怀孕期间协议离婚能够合法进行，如果是女方提出离婚的或者是法院认为男方提出的请求是有需要受理的，那么这样的情况下是可以离婚的，双方签订的怀孕期间离婚协议书也具有效力。
根据《民法典》规定，夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
怀孕期间离婚孩子抚养权原则上归女方。抚养权的具体归属可以等孩子出生后双方进行协商，协商不成的，可以向人民法院提起诉讼。
根据《民法典》规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。
找法网提醒您，女方怀孕离婚一般没有赔偿，无过错方有权请求损害赔偿的法定理由是过错方有重婚、与他人同居、实施家庭暴力、虐待、遗弃家庭成员等重大过错的。
根据法律规定，有下列情形之一，导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿：
1.重婚；
2.与他人同居；
3.实施家庭暴力；
4.虐待、遗弃家庭成员；
5.有其他重大过错。
