征收国有土地厂房拆迁赔付停产损失的方式：需要根据厂房被征收之前的效益、停产期限等因素计算，具体办法由省、自治区、直辖市制定。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十三条对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。具体办法由省、自治区、直辖市制定。
房屋拆迁纠纷起诉流程如下：
1.确定被告；
2.撰写起诉状、准备相关证据材料；
3.携带上述材料到到人民法院提起行政诉讼。
找法网提醒您，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条的规定，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议签订以后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
1.征收程序存在违法现象，征收地块未经有权机关审批即开始征收程序，或是存在不张贴征收公告等不透明行为；
2.补偿安置的标准不依法制定，未经审批或听证，致使补偿标准明显不合理；
3.因历史遗留问题致使房屋产权证明缺失，征收部门以此降低补偿或者强拆房屋时有发生；
4.补偿协议签订不明确或是签订后不依约履行，致使拆迁后续纠纷发生。
