处理专利纠纷的方式有：协商、诉讼、专利管理部门处罚。未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决。专利纠纷当事人也可以请求管理专利工作的部门处理。专利纠纷当事人不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉。
找法网提醒您，审理侵犯专利权纠纷的流程：
1.宣布开庭；
2.法庭调查：当事人陈述案件事实；
3.举证质证；
4.法庭辩论：各方当事人就有争议的事实和法律问题，进行辩驳和论证；
5.法庭调解：在法庭主持下，双方当事人协议解决纠纷，达成调解协议，制作调解书，双方当事人在调解笔录上签字后生效。
专利权的诉讼时效为三年。并且该诉讼时效自利权人或者相关利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。但有特殊情况的除外。例如专利权人于专利权授予之日前即已知道或者应当知道的，自专利权授予之日起计算。
《中华人民共和国专利法》第七十四条
侵犯专利权的诉讼时效为三年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。
发明专利申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为三年，自专利权人知道或者应当知道他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已知道或者应当知道的，自专利权授予之日起计算。
