处理知识产权纠纷的方法如下：
1.知识产权纠纷发生后，双方自行协商；
2.知识产权纠纷发生后，经双方申请，由人民法院、仲裁机构或者调解人协调；
3.知识产权纠纷发生后，当事人或者非特定第三人要求知识产权行政机关处理知识产权纠纷；
4.知识产权纠纷发生后，将纠纷提交仲裁机构审理，仲裁机构制定对纠纷双方都有约束力的裁决制度；
5.知识产权纠纷发生后，向法院起诉。
常见纠纷有：归属纠纷、侵权纠纷、合同纠纷、行政纠纷。
找法网提醒您，知识产权纠纷由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地的中级人民法院管辖。专利纠纷第一审案件，由各省、自治区、直辖市人民政府所在地的中级人民法院和最高人民法院指定的中级人民法院管辖。侵害著作权的，由侵权行为的实施地、侵权复制品储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。
知识产权纠纷的诉讼时效三年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
