工程款拖欠超过诉讼时效后的处理：
行为人仍可以向法院提起诉讼，但对方可以提出不履行义务的抗辩，由法院审查是否具有时效中断、时效中止和时效的延长事由；涉及不动产物权和登记而返还财产的，不受诉讼时效限制。
《民法典》第一百九十二条
诉讼时效期间届满的，义务人可以提出不履行义务的抗辩。诉讼时效期间届满后，义务人同意履行的，不得以诉讼时效期间届满为由抗辩；义务人已经自愿履行的，不得请求返还。
第一百九十六条
下列请求权不适用诉讼时效的规定：
（一）请求停止侵害、排除妨碍、消除危险；
（二）不动产物权和登记的动产物权的权利人请求返还财产；
（三）请求支付抚养费、赡养费或者扶养费；
（四）依法不适用诉讼时效的其他请求权。
找法网提醒您，拖欠工程款诉讼时效是三年，自拖欠之日起计算。法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
起诉的流程是：
1.提交起诉书，并按对方当事人人数提交相应份数的副本。
2.提交相关证据材料。
3.立案庭在当事人履行必须的手续和交齐有关证据材料之后，在七天内，对符合立案条件的，办理立案手续。
4.当事人收到受理通知书之日起七天内预交案件受理费和其他诉讼费用。
5.法院开庭审理。
