变更劳动合同不能协商一致的处理：不能变更劳动合同。变更劳动合同应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。依法变更后的劳动合同文本则由用人单位和劳动者各执一份。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条
用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
变更后的劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。
第十七条
订立和变更劳动合同，应当遵循平等自愿、协商一致的原则，不得违反法律、行政法规的规定。
劳动合同依法订立即具有法律约束力，当事人必须履行劳动合同规定的义务。
找法网提醒您，劳动合同变更不用备案登记，非要备案的，到劳动合同单位所在地的区县级劳动局可以备案。劳动合同经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效，由用人单位和劳动者各执一份。用人单位未将劳动合同文本交付劳动者的，由劳动行政部门责令改正；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动合同变更纠纷的仲裁时效是1年。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条
【仲裁时效】劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
