遇到会员卡充值商家跑路保护自己的权益的方法是;
1.消费者遭遇不合理消费时，要注意保留证据，消费者可与商家协调，协商未果可直接向消费者协会或工商部门投诉，或通过法律渠道维权。
2.消费者如遇到商家消失或人去楼空的情况，可到经营场所所在地市场监督管理所反映，并查询其注册情况。找法网提醒您，虽然找不到经营者行政部门无法调处此类消费纠纷，但会积极帮助消费者查询经营者的有关注册信息，消费者可通过诉讼等途径及时维权。如果说刚充值人就已经跑掉的情况下，这个是很有可能构成合同诈骗罪的，此时建议消费者去报警。
1.调查取证：当事人应当调查取证，收集与案件有关的证据，包括书证、物证、证人证言等；
2.起草诉状：当事人应当按照法律规定，起草符合法律要求的诉状，明确自己的请求和诉讼事实、理由等，并附上相关证据；
3.递交诉状：当事人应当将起诉状递交至被告住所地或者事发地人民法院，同时交纳诉讼费用。法院应当在收到起诉状之日起五日内向起诉人发出受理通知书；
4.被告答辩：被告在收到起诉状后应当在法定期限内进行答辩，说明自己的意见和观点，并附上相关证据；
5.开庭审理：庭前准备工作完成后，法院将安排开庭审理。在庭审过程中，双方当事人可以进行辩论，法院可以询问当事人或者证人，查阅证据等；
6.审判裁决：庭审结束后，法院将根据调查取证情况、当事人的陈述和已有证据等作出判决或者裁定。判决或者裁定一经宣告，即具有法律效力。
充值会员卡商家跑路的如果商家的跑路行为被认定为违约行为，那么消费者可以向法院提起诉讼，要求商家承担相应的责任。在这种情况下，诉讼时效一般为三年。
如果商家的跑路行为被认定为欺诈行为，那么消费者可以向相关部门或机构进行投诉或举报，要求相关部门进行调查处理。在这种情况下，消费者可以向相关部门或机构提出申诉，并要求相关部门进行调解或处理。
