1.协商。医患双方就赔偿问题进行协商，达成一致意见，双方签订协议书，可以办理公证或律师见证，并报卫生行政主管部门备案。
2.申请卫生行政部门处理。当事人应当提出书面申请，并在知道或应当知道身体健康受到损害之日起1年内提出。
3.向人民法院起诉。医疗纠纷可以不向卫生行政部门申请处理，直接向人民法院提起诉讼，以侵权为案由的，诉讼时效为1年，以违约为案由的，诉讼时效为2年，均自知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起计算。
医疗纠纷诉讼时效是三年。
《民法典》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算”。
医疗纠纷的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到侵害之日起开始计算。需要注意的是，自权利受到损害之日起超过二十年的，法院不予保护。若在医疗事故中受到侵害的权利人在法定的诉讼时效期间内没有行使权利，那么当时效期间届满时，对方便获得了诉讼时效抗辩权。
医疗事故案件中，除了被告人供述，被害人陈述，证人证言及专家鉴定结论之外，还需要注意收集以下几方面的书证或物证：
1.门诊及住院病历。门诊病历是患者来医院就诊时最原始的证据材料，上面记载了病人的主诉、医生的查体、诊断及最后的处理意见等。
2.化验单及各类检查结果。找法网提醒，化验单及各辅助科室的检查结果，如心电图、脑电图、B超结果、X片等，这些资料是医生诊断时的重要参考 。
3.处方、药品及药品包装袋。有的医疗事故是由于医疗人员用错药、发错药导致的，而患者当时所服用药品的处方笺的底方及其复印件、剩余药液及药品包装袋等。
