被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底，要视具体情况而定：
1.如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底；
2.因犯罪情节轻微而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
找法网提醒您，根据法律规定，检察院的起诉的流程是：
1.公安机关侦查终结的案件，写出起诉意见书，连同案卷材料、证据一并移送同级人民检察院审查决定。
2.人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，向人民法院提起公诉。
3.经过人民法院法庭审理后，需要分别作出有罪或无罪判决。
检察院不起诉决定不用通过法院，根据《刑事诉讼法》中的规定，作出不予起诉决定之后，案件自然不会到法院。对刑事案件决定不予起诉的主体是人民检察院，而此时案件通常也还处于审查起诉阶段。
