宅基地被他人侵占，可以先协商解决。如果无法协商，可以请求人民政府处理。
法律依据：
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理。个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
找法网提醒，农村宅基地的申请流程：
1.由土地使用者本人向所在集体经济组织提出申请。持户口簿复印件、集体土地使用权证书（有批复无土地使用权证书的，应先办理土地使用权证书）；
2.异地无住房的，原宅基地必须退耕，由申请人写出保证；
3.分户建房的，应提供家庭成员签订的分户协议；
4.因建设需拆迁的须提供拆迁部门的证明；
5.在县城规划区内，应办理城建规划部门的规划许可证，乡（镇）、集镇规划范围内应取得当地政府的同意；
6.在公路、沟渠、河道、桥梁两侧建设用地，应按照《公路管理法》、《防洪法》、《水土保持法》取得主管部门的同意后到乡镇国土资源所领取宅基地申请表，经村民小组、村委会审查同意，由所辖区域国土资源所工作人员到实地审查，是否符合法律、政策的规定，报乡（镇）人民政府审核同意后，上报县人民政府批准（县人民政府委托县国土资源局审批）。
1.按所有权价值补偿；
宅基地被征收后，农村集体经济组织的所有权就会丧失，所以必须按所有权价值进行补偿。
2.按建设用地价值补偿；
宅基地属于非农业建设用地，应当参照建设用地补偿标准，综合宅基地所在位置、供求关系等因素确定其价值。按照《土地管理法》第47条规定，征收宅基地应当参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费标准确定。该规定忽略了宅基地与耕地在性质、功能、价值等方面的差异，与当前经济发展状况不相适应，应当及时作出修改。
3.按市场价值补偿；
市场价值是平等的交易双方在自愿的基础上，通过竞价达成的双方都能接受的价格。房屋的市场价值要受自然环境、经济环境、社会环境等因素影响。就我国当前实际情况来说，农村的经济发展水平得到提高，生活环境得以改善，基础设施不断健全，加之农村自然环境优美、人口密度低、通风采光好，各种因素相结合使城镇居民趋之若鹜从而提高了其市场价值。因此，农村房屋具有很大的升值空间。在征收宅基地时各种因素必须要综合考虑，以提高农民的财产性收入，降低由于丧失宅基地而引发的不满情绪。
