非法分包工程如下处理：
1.责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；
2.情节严重的，吊销资质证书；
3.承包单位对因转包工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包的单位承担连带赔偿责任。
非法转包和违法分包的区别如下：
1.主体不同。转包发生在总承包人和转承包人之间;分包则发生在总承包人与分包人之间;
2.对象不同。转包的对象是施工合同的全部工程;而分包仅指主体工程外的分部分项工程，是承发包合同中一部分;
3.合同效力不同。转包属于法律法规所明确禁止的无效行为;违法分包为法律所禁，而建设工程总承包合同中明确有约定了可以分包或者经建设单位认可的分包属合法行为;
4.对应的义务不同。转包合同中，总承包人不履行建设工程合同全部义务，不履行施工、管理、技术指导等责任;而分包合同中，总承包人成立项目部，派出专业技术人员对分承包人的工作内容进行监督、管理和指导。
违法分包有四种情形：
1.分包给不具备相应资质条件单位的；
2.分包未经建设单位认可的；
3.分包建设工程主体结构的；
4.分包单位将其承包的建设工程再分包的。
找法网提醒您，《中华人民共和国民法典》第七百九十一条发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程支解成若干部分发包给数个承包人。总承包人或者勘察、设计、施工承包人经发包人同意，可以将自己承包的部分工作交由第三人完成。第三人就其完成的工作成果与总承包人或者勘察、设计、施工承包人向发包人承担连带责任。承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人或者将其承包的全部建设工程支解以后以分包的名义分别转包给第三人。禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。禁止分包单位将其承包的工程再分包。建设工程主体结构的施工必须由承包人自行完成。
