员工擅自离职处理合法的方式如下：
1.如果员工擅自离职的行为严重违反了用人单位的规章制度，用人单位可以单方面解除劳动合同，不需要支付经济补偿；
2.如果员工违法解除劳动合同给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
自动离职，是指职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。自动离职就与用人单位解除了劳动合同关系，如果离职未经用人单位同意或者没有和用人单位协商就自行离职的，因离职给用人单位造成损失的，劳动者应当支付赔偿金，用人单位可按照《企业职工奖惩条例》，对自动离职者给予除名处理。
找法网提醒您，劳动者主动辞职的，一般不会有补偿；但如果是依法单方面与用人单位解约；或者单位降低劳动条件来续签，劳动者拒绝的，会有补偿。劳动者在单位每工作满一年，可以得到一个月工资的补偿。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
（七）法律、行政法规规定的其他情形。
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
