借款合同超过诉讼时效后处理的方式是：债权人仍可继续向法院起诉，请求债务人履行还款义务，但是债务人可行使诉讼时效经过的抗辩，如借款人没有提出超过诉讼时效的问题，法院不审查诉讼时效问题。或者可以双方协商解决。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
借款合同与借条的不同点有：
1.成立的方式不同。合同是平等主体的自然人、法人、其他组织之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。借款合同是借款人向贷款人借款，到期返还借款并支付利息的合同。
2.持有文书的法律意义不同。借款合同一般一式两份，双方当事人各持一份，借据，一般只由借款人写就一份，并在支付贷款时向贷款人交付。
3.对是否已经还款的证明作用不同。
起诉书上交到法院后，符合起诉条件的，人民法院会在七日内立案，并通知当事人;不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理;原告对裁定不服的，可以提起上诉。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十六条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百二十二条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。
