非法使用土地行政处罚的方式是：
县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分。
《土地管理法》第七十七条
未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款;对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处。
找法网提醒您，非法占用土地罪立案标准：
1.一次性非法批准征用、占用基本农田0.67公顷（10亩）以上，或者其他耕地2公顷（30亩）以上，或者其他土地3.33公顷（50亩）以上的；
2.十二个月内非法批准征用、占用土地累计达到上述标准的等。
非法占用农用地罪的构成要件为：
1.本罪侵犯的客体是国家的耕地管理制度。
2.本罪在客观方面表现为违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的行为。
3.本罪的主体既可以是自然人，也可以是单位。
4.本罪在主观方面表现为故意。
