如下处理违法的转包工程：
1.责令改正，没收违法所得，并处罚款，可以责令停业整顿，降低资质等级；
2.情节严重的，吊销资质证书；
3.承包单位对因转包工程不符合规定的质量标准造成的损失，与接受转包的单位承担连带赔偿责任。
《建筑法》第二十四条提倡对建筑工程实行总承包，禁止将建筑工程肢解发包。建筑工程的发包单位可以将建筑工程的勘察、设计、施工、设备采购一并发包给一个工程总承包单位，也可以将建筑工程勘察、设计、施工、设备采购的一项或者多项发包给一个工程总承包单位；但是，不得将应当由一个承包单位完成的建筑工程肢解成若干部分发包给几个承包单位。
1.主体不同。转包发生在总承包人和转承包人之间；分包则发生在总承包人与分包人之间。
2.对象不同。转包的对象是施工合同的全部工程；分包仅指主体工程外的分部分项工程，是发包合同中一部分。
3.合同效力不同。转包属于法律法规所明确禁止的无效行为；违法分包为法律所禁止，而建设工程总承包合同中明确有约定了可以分包或者经建设单位认可的分包属合法行为。
4.对应的义务不同。转包合同中，总承包人不履行建设工程合同全部义务，不履行施工、管理、技术指导等责任；而分包合同中，总承包人成立项目部，派出专业技术人员对分承包人的工作内容进行监督、管理和指导。
违法分包转包的认定办法是：承包人违反法律规定或者合同约定，分包单位工程或分部分项工程给其他单位或个人施工的违法行为。找法网提醒您，承包人退出现场承包关系，转让其承包的工程由受让人成为承包合同另一方当事人的违法行为。
