房屋拆迁纠纷起诉流程如下：
1.确定被告；
2.撰写起诉状、准备相关证据材料；
3.携带上述材料到到人民法院提起行政诉讼。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十五条的规定，房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。补偿协议签订以后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。
拆迁协议中应该包括以下内容：
1.拆迁补偿方式，货币补偿金额及其支付期限;
2.安置用房面积、标准和地点;
3.产权调换房屋的差价支付方式和期限;
4.搬迁期限、搬迁过渡方式和过渡期限;
5.搬迁补助费和临时安置补助费或停产停业损失费发放标准和支付方式;
6.违约责任和争议解决的方式;
7.当事人约定的其他条款。
找法网提醒您，房屋拆迁纠纷有诉讼时效规定，时效规定为六个月。当事人应当在诉讼时效范围内提出诉讼请求，时效自知道或者应当知道作出行政行为之日或被侵害之日起算，超过二十年的拆迁纠纷法院不予受理。
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
