如下合法办理小产权房屋更名手续：
1.双方需要带着身份证明到房管部门测绘公司申请。
2.双方到房管部门和税务部门委托的评估公司申请评估。评估公司出具评估报告，缴纳评估费。
3.双方到税务部门申请并缴纳契税。申请并缴纳(或减免)营业税、个税。
4.双方到房管部门申请办理，房管部门审批核准后，缴费取证。
1.产权划分的不同。小产权房只有部分产权，而普通商品房则拥有全部产权。部分产权是强调永久使用权和继承权，而对收益权和处分权的行使则限定在一定范围之内。其实小产权房只是一个狭义概念，通过政府批准有正规建设手续的新民居是合法的，可以长久拥有居住，而对没有合法建设手续的房屋，不要去买。这个才是真正的小产权，其不合法且随时会被强制拆除；
2.产权性质的区别。国家发产权证的叫大产权房，国家不发产权证的叫小产权房。小产权房、乡产权房有两种：一种是在集体建设用地上建成的，即宅基地上建成的房子，只属于该农村的集体所有者，外村农民根本不能够购买；另一种是在集体企业用地或者占用耕地违法建设的。
农村小产权房不能转让。找法网提醒您，小产权房是指在集体所有土地上建造的房产，不能办理房屋产权证。虽然小产权房买卖合同没有法律法规明确认定为无效，但根据我国现行房地产管理法规，农村集体所有土地在办理国家征收手续转为国有土地之前，禁止进入房地产市场。
因此，集体经济组织开发小产权房的行为不受法律保护，买卖小产权房通常被法院认定为变相买卖农村宅基地。同时，由于农村宅基地福利保障性强，是集体经济组织成员免费获得的，获得宅基地使用权的主体应限于集体经济组织成员。
