拆迁协议纠纷法院会根据案件的具体情况以及具体的案由来判决。拆纠纷可以按照拆迁条例向有关部门申请裁决，在接到裁决书之日起3个月内就补偿安置争议向人民法院提起诉讼，依法维护自身权益。房屋征收部门与被征收人在征收补偿方案确定的签约期限内达不成补偿协议，或者被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照法律上的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
拆迁纠纷诉讼有效期限可能是三年，也有可能是六个月。
若采取纠纷属于民事纠纷，那么诉讼时效是三年。
《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
若纠纷属于行政纠纷，那么诉讼时效是六个月。
《行政诉讼法》第四十六条
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
民事纠纷的诉讼费一般是由败诉方承担，如果胜诉方自愿承担的除外。
找法网提醒您，《诉讼费用交纳办法》第二十九条
诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。
部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
共同诉讼当事人败诉的，人民法院根据其对诉讼标的的利害关系，决定当事人各自负担的诉讼费用数额。
