个人是不能到检察院申请不起诉案件的，只能由检察院经审查后，认为可以不起诉的，则会做出不起诉的决定。人民检察院审查起诉案件，符合下列情形之一的，可以作出不起诉决定：
1.情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
2.犯罪已过追诉时效期限的；
3.经特赦令免除刑罚的。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
检察院不起诉公安机关并不是必须撤案，这是由于刑事法律规范之中并未如此规定。但若公安机关扣押了涉案人员，需要将其释放。
根据《人民检察院刑事诉讼规则》第三百七十四条人民检察院决定不起诉的案件，应当同时书面通知作出查封、扣押、冻结决定的机关或者执行查封、扣押、冻结决定的机关解除查封、扣押、冻结。
检察院不予起诉的案件，公安机关应当改变强制措施，或者进行补充侦查，公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。
酌定不起诉会不会留案底要视具体情况而定：
1.如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。
2.如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
