行政主体和行政机关的法律联系在于：
1.行政机关是依法设立的政府行政职能部门，是行政主体的主要内容。行政主体的主要内容是行政机关，除此之外，行政主体还包括依法设立的政府行政机构及法律，行政法规授权行使行政职权的其他社会组织，团体等部门或单位，其内涵较行政机关更为丰富多彩；
2.行政机关是依法享有特定的法律地位，法律权利，法律义务的政府行政职能部门，但也不是在任何情况下都是适格的行政主体，在某种特定的范围内，其也是民事法律关系的主体或者是行政管理的相对人。
行政主体和行政机关的区别在于：
1.行政主体是行政组织在行政关系中的一种地位，只有在行政机关参加进一种行政管理关系时，它才在这种关系中具有行政主体地位。所以不能在行政机关和行政主体两个概念中间划等号。
2.并非所有的行政机关都能成为行政主体。行政机关只有具备一定的条件才能成为行政主体，因而，某个政府机构可能是行政机关，但它并不一定就能成为行政主体。例如政府内部的某个办事机构、协调性机构，它们仅负责管理、协调内部事务，并不对外行使职权，不能与相对人之间形成管理和被管理的关系。因此也就不会有什么责任需要承担，因此不具有行政主体资格。
3.并非行政机关在所有场合都能成为行政主体。行政机关在法律上可以具有双重身份，即民事主体与行政主体。它即可以民事主体的身份从事活动，如到商店购买办公用品，也可以行政主体的身份从事行政活动，如作出行政处罚。当行政机关租用办公用房、购买办公用品时，其身份是民事主体;当其以行政职权享有者的身份进行管理时，其身份是行政主体。在不同的活动中，需要遵循不同的规则。在行政法上关注的是行政机关的行政主体身份。
4.成为行政主体的不限于行政机关。
5.其它。
行政职能包括政治职能、经济职能、文化职能、社会职能等。行政职能也叫政府职能是指行政主体作为国家管理的执行机关，在依法对国家政治、经济和社会公共事务进行管理时应承担的职责和所具有的功能。它体现着公共行政活动的基本内容和方向，是公共行政本质的反映。
找法网提醒您，行政机关应处理行政诉讼案件的方式如下：
1.行政机关应当撰写答辩状。行政机关应当在收到起诉状副本之日起十五日内向人民法院提交作出行政行为的证据和所依据的规范性文件，并提出答辩状。
2.行政机关应提供证明具体行政行为合法的所有证据。
3.行政机关应按时提交上述材料。
