1.土地性质不一样。回迁房是由政府统一来划分土地，土地性质是属于国有划拨土地;而小产权房未经过国家正规手续的审批，占用农村集体土地建设的房屋。
2.产权性质不一样。回迁房是有房产证，或是拆迁协议今后能办理房产证的，而小产权房是没有房产证，或者其房产证是乡政府颁发的，不受房管局认可的。
3.能否上市交易不一样。有房产证的回迁房是可以像商品房一样，在二手房市场交易的，而小产权房则不可以，交易有风险。
4.能否抵押贷款不一样。有房产证的回迁房还可以像商品房一样抵押贷款，而小产权房则不可以在银行抵押贷款。
回迁房经过土地规划部门批准，可以办理房产证，属于大产权房。小产权房一般指的是没有经过土地规划部门批准的农村集体土地上建的房屋。大产权与小产权不属于法律概念。
根据《城市房地产管理法》第二十五条的规定，房地产开发必须严格执行城市规划，按照经济效益、社会效益、环境效益相统一的原则，实行全面规划、合理布局、综合开发、配套建设。
根据《不动产登记暂行条例》第十五条的规定，当事人或者其代理人应当向不动产登记机构申请不动产登记。
不动产登记机构将申请登记事项记载于不动产登记簿前，申请人可以撤回登记申请。
找法网提醒，回迁房有房产证的房子能买卖。
根据《城市房地产管理法》第三十八条的规定，下列房地产，不得转让:
（一）以出让方式取得土地使用权的，不符合本法第三十九条规定的条件的；
（二）司法机关和行政机关依法裁定、决定查封或者以其他形式限制房地产权利的；
（三）依法收回土地使用权的；
（四）共有房地产，未经其他共有人书面同意的；
（五）权属有争议的；
（六）未依法登记领取权属证书的；
（七）法律、行政法规规定禁止转让的其他情形。
