船舶抵押合同变更需要抵押权人和抵押人持船舶所有权登记证书、船舶抵押权登记证书和船舶抵押合同变更的证明文件，到船籍港船舶登记机关办理有关变更登记。
《中华人民共和国船舶登记条例》第三十八条
船舶抵押合同变更时，抵押权人和抵押人应当持船舶所有权登记证书、船舶抵押权登记证书和船舶抵押合同变更的证明文件，到船籍港船舶登记机关办理有关变更登记。对经审查符合本条例规定的，船籍港船舶登记机关应当在船舶所有权登记证书和船舶抵押权登记证书以及船舶登记簿上注明船舶抵押合同的变更事项。
找法网提醒您，船舶抵押合同纠纷的诉讼时效是3年。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
船舶抵押权是指抵押权人对于抵押人提供的作为债务担保的船舶，在抵押人未履行债务时，可以依法拍卖，从卖得的价款中优先受偿。可以看出，船舶抵押权有三个特性：
1.担保性。船舶是对抵押人和抵押权人之间已经存在的债务关系的担保，债务关系在前，抵押关系在后，两者有主从关系。
2.优先性。主要是在受偿顺序上，当船舶所有人存在许多债务时，由船舶抵押权所担保的债权排在较为优先的受偿顺序上(排在船舶优先权和留置权之后)。
3.转移占有性。船舶仍在船舶所有人的直接控制之下，正常营运丝毫不受影响，也保证了抵押权人回收资金，这也是船舶抵押权作为航运融资保障的原因所在。
