企业清理欠款按照如下方式处理：
由清算组以公司财产清偿。公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产
《中华人民共和国公司法》第一百八十七条
【破产申请】清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。
公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
找法网提醒您，公司债务纠纷的诉讼时效一般为三年。如果债权人与债务人之间不能协商解决纠纷的，自债权人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起的三年内，可以依法向法院起诉，请求法院来解决该纠纷。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
1.破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
2.破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
3.普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
