分公司注销流程：
1.持分公司营业执照副本，到工商登记部门领取分公司注销登记申请书，并根据规定填写共同委托代理人或指定代表的证明。
2.准备好注销登记的材料。因为分公司是不具备法人资格的，所以注销登记材料需要由所属公司作出决定并签署，并加盖公章。
3.材料准备完成后，向工商登记机关提交。
4.分公司注销登记经工商登记机关核准后，分公司需要带着《分公司注销登记核准通知书》到公司登记机关进行分公司撤销备案即可。
注销费用根据情况不同而有所不同，一般费用是3000~8000元不等。
分公司注销登记所需准备材料如下：
1.公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
2.公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
3.公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
4.分公司的《营业执照》正、副本。
5.分公司完税证明。您所说的“税务系统中好像还处于非正常状态”如果是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
6.分公司如单独开设有银行账户的，还必须要提交银行清户证明。
7.分公司公章。
公司注销所需时间，一般需要2-3个月的时间，工商和税务的流程可以同时进行，首先工商局需要先过去备案注销，然后登报，45天后才能提交正式的注销资料过去，审批需要一周的时间。找法网提醒您，税务的话如果没有国税可以直接注销地税，时间也要15-20天的样子，如果有国税的话先要注销国税再注销地税。
