企业注销未分配利润应当分配给股东。一般情况下是按照实缴比例分配。根据相关法律规定，企业注销前需要进行清算，清算组应当编制资产负债表以及财产清单。
法律依据《公司法》
第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
第四条 公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
分公司注销登记所需准备材料如下：
1.公司法定代表人、指定代表或者共同委托代理人签署并加盖公司公章的《分公司注销登记申请书》;
2.公司签署、加盖公司公章并粘贴指定代表或共同委托代理人身份证复印件的《指定代表或者共同委托代理人的证明》，应标明具体委托事项、权限、委托期限。指定代表或共同委托代理人要提交身份证原件(供当场确认使用)。
3.公司出具的注明分公司注销原因的注销决定。
4.分公司的《营业执照》正、副本。
5.分公司完税证明。您所说的“税务系统中好像还处于非正常状态”如果是指没有进行税务登记，可以提交领取营业执照时工商登记机关核发的办理税务登记使用的那联“分公司登记核准通知书”作为证明。
6.分公司如单独开设有银行账户的，还必须要提交银行清户证明。
7.分公司公章。
找法网提醒您，分公司注销流程是：
1.股东会决议解散分公司；
2.对分公司进行查账；
3.向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
找法网提醒您，根据《中华人民共和国公司法》第十四条公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
