对知识产权纠纷应该按照如下方式处理：
1.协商是指双方当事人在知识产权纠纷发生后，在自愿互谅的基础上，按照有关法律的规定，通过直接的协商和谈判，自行达成和解协议，从而使纠纷得到解决的活动。
2.调解是指知识产权纠纷发生后，经双方当事人申请，由人民法院、仲裁机构或调解人从中协调，使双方当事人在自愿协商的基础上，互作让步，达成协议，从而使纠纷得到解决的活动。
3.行政处理是指知识产权纠纷有关的当事人或者不特定第三人请求知识产权行政管理机关处理其知识产权纠纷或与知识产权有关的侵权等违法行为的活动。
4.仲裁是指知识产权纠纷双方当事人在自愿基础上达成协议，将纠纷提交仲裁机构审理，由仲裁机构做出对争议双方均有约束力的裁决的解决纠纷的制度。当事人可以根据仲裁裁决或调解书要求对方承担责任或履行义务，也可请求人民法院强制执行。
5.民事诉讼是指人民法院在知识产权纠纷双方当事人的参与下审理和解决知识产权纠纷案件的诉讼活动。当事人可以请求人民法院做出要求对方承担责任或履行义务的判决书或调解书，并可请求人民法院强制执行。
找法网提醒您，知识产权诉讼的时效是是三年。根据相关规定，侵犯专利权、著作权、商标权的诉讼时效为三年。并且该诉讼时效自利权人或者相关利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。
《中华人民共和国专利法》第七十四条
侵犯专利权的诉讼时效为三年，自专利权人或者利害关系人知道或者应当知道侵权行为以及侵权人之日起计算。
发明专利申请公布后至专利权授予前使用该发明未支付适当使用费的，专利权人要求支付使用费的诉讼时效为三年，自专利权人知道或者应当知道他人使用其发明之日起计算，但是，专利权人于专利权授予之日前即已知道或者应当知道的，自专利权授予之日起计算。
知识产权纠纷的种类有：
1.知识产权的侵权纠纷；
2.知识产权的归属权纠纷；
3.知识产权的抵押合同、许可使用合同纠纷；
4.以及知识产权的行政纠纷，例如授予商标权、专利权的纠纷。
《中华人民共和国商标法》第六十一条
对侵犯注册商标专用权的行为，工商行政管理部门有权依法查处；涉嫌犯罪的，应当及时移送司法机关依法处理。
