被没收投标保证金按照如下规则处理：
1.没收的保证金归属财政所有：如果招标人的违法行为，被财政监督所发现并没收，该保证金就应该归属财政所有，上缴国库充公。
2.没收的保证金归属代理机构所有：如果投标人的违法行为，给代理机构造成了损失，比如在招标文件规定的投标截止时间后撤回投标等行为，作弊，串标，扰乱招投标工作而给代理机构造成了实质性的影响，或投标人违法放弃中标资格，代理机构又不得不重新招标，那么投标人的行为给代理机构造成了人力物力财力的影响，被没收的投标保证金就应当归属代理机构所有，用于弥补代理机构的损失。
找法网提醒您，它是为了履行某种义务而缴纳的一定数量的钱。在保证金交易里，买卖双方只须付一少笔保证金给经纪人即可。缴纳保证金的目的，一是保护经纪人的利益，客户因故无法付款时经纪人即以保证金补偿。二是为了控制交易所的投机活动。
《中华人民共和国招标投标法实施条例》 第五十四条
依法必须进行招标的项目，招标人应当自收到评标报告之日起3日内公示中标候选人，公示期不得少于3日。投标人或者其他利害关系人对依法必须进行招标的项目的评标结果有异议的，应当在中标候选人公示期间提出。招标人应当自收到异议之日起3日内作出答复；作出答复前，应当暂停招标投标活动。
下列任何情况发生时，投标保证金将被没收：
1.投标人在投标函格式中规定的投标有效期内撤回其投标;
2.中标人在规定期限内未能：
(1)根据规定签订合同;或根据规定接受对错误的修正;
(2)根据规定提交履约保证金。
根据规定，投标人应提交规定金额的投标保证金，并作为其投标书的一部分。
