刑事案件证据不足的，在侦查阶段会撤销案件；审查起诉阶段，检察院会退回补充侦查或直接撤销案件；审判阶段，法院会做出证据不足的无罪判决。
根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款规定，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
《刑事诉讼法》第二百条第三项规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
刑事案件自诉和公诉的区别如下：
1.案件来源不同。
2.两者的危害程度和犯罪性质不同。
3.审查程序不同。
4.两者当事人的诉讼权利不完全相同。
5.当事人的诉讼地位不同。
6.当事人行使诉讼权利的时间不同。
7.举证责任不同。
8.刑罚处罚的轻重不同。
9.案件的可分性特点不同。
10.审理期限的要求不同。
找法网提醒您，《公安机关办理刑事案件程序规定》第一百八十三条经过侦查，发现具有下列情形之一的，应当撤销案件：
（一）没有犯罪事实的；
（二）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（三）犯罪已过追诉时效期限的；
（四）经特赦令免除刑罚的；
（五）犯罪嫌疑人死亡的；
（六）其他依法不追究刑事责任的。
