医患纠纷案件申请医疗纠纷鉴定的程序为：
可以由单方当事人直接向卫生行政部门发出申请，也可以由双方当事人共同委托专业的医学会进行鉴定。鉴定由专家鉴定组组长主持，并按照以下程序进行：
1.双方当事人在规定的时间内分别陈述意见和理由。陈述顺序先患方，后医疗机构；
2.专家鉴定组成员根据需要可以提问，当事人应当如实回答。必要时，可以对患者进行现场医学检查；
3.双方当事人退场；
4.专家鉴定组对双方当事人提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论；
5.经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家鉴定组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。
找法网提醒您，医疗事故鉴定大概需要45日。医学会应当自接到当事人提交的材料之日起45日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。由双方当事人共同委托鉴定的，鉴定书应当直接送达双方当事人。
《医疗事故处理条例》第二十九条
负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会应当自接到当事人提交的有关医疗事故技术鉴定的材料、书面陈述及答辩之日起45日内组织鉴定并出具医疗事故技术鉴定书。
负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会可以向双方当事人调查取证。
依据我国相关法律的规定，属于医疗事故的，鉴定费用由医疗机构支付;不属于医疗事故的，鉴定费用由提出医疗事故处理申请的一方支付。
《医疗事故处理条例》第三十四条
医疗事故技术鉴定，可以收取鉴定费用。经鉴定，属于医疗事故的，鉴定费用由医疗机构支付;不属于医疗事故的，鉴定费用由提出医疗事故处理申请的一方支付。鉴定费用标准由省、自治区、直辖市人民政府价格主管部门会同同级财政部门、卫生行政部门规定。
