商标侵权案件的处理如下：
1.若当事人能够和解的，可以按照双方达成的和解方案处理；
2.协商不成的，可以向有关机构申请调解；
3.调解不成的，可根据仲裁条款或仲裁协议进行仲裁；
4.前述方式均无法处理的，当事人可以提起民事诉讼处理。
《中华人民共和国商标法》第六十条
有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
商标侵权根据下列标准确定，行为人只要实施了未经商标注册人的许可，擅自使用、更换、伪造、销售、制造他人商标，从而导致商标注册人遭受实际损失的违法行为，即可认定为商标侵权。
找法网提醒您，《中华人民共和国商标法》第五十七条
有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权：
（一）未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的；
（二）未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的；
（三）销售侵犯注册商标专用权的商品的；
（四）伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的；
（五）未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的；
（六）故意为侵犯他人商标专用权行为提供便利条件，帮助他人实施侵犯商标专用权行为的；
（七）给他人的注册商标专用权造成其他损害的。
法律如下界定注册商标侵权行为的立案标准：
1.非法经营数额在五万元以上或者违法所得数额在三万元以上的；
2.假冒两种以上注册商标，非法经营数额在三万元以上或者违法所得数额在二万元以上的；
3.其他情节严重的情形。
