员工造成公司损失的处理方法是要求员工按照实际损失数额赔偿，也可以按照劳动合同的约定要求其赔偿。赔偿损失可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
法律依据：《工资支付暂行规定》第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
找法网提醒您，劳动争议纠纷包括：
1.因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
2.因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
3.因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
4.因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
5.劳动者与用人单位在履行劳动合同过程中发生的纠纷；
6.劳动者与用人单位之间没有订立书面劳动合同，但已形成劳动关系后发生的纠纷；
7.其它。
劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受本条第一款规定的仲裁时效期间的限制；但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
