商标侵权案件的处理如下：
1.若当事人能够和解的，可以按照双方达成的和解方案处理；
2.协商不成的，可以向有关机构申请调解；
3.调解不成的，可根据仲裁条款或仲裁协议进行仲裁；
4.前述方式均无法处理的，当事人可以提起民事诉讼处理。
《中华人民共和国商标法》第六十条
有本法第五十七条所列侵犯注册商标专用权行为之一，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，商标注册人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求工商行政管理部门处理。
工商行政管理部门处理时，认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具，违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。对五年内实施两次以上商标侵权行为或者有其他严重情节的，应当从重处罚。销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得并说明提供者的，由工商行政管理部门责令停止销售。
商标侵权的诉讼时效是三年。
找法网提醒您，根据《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十七条诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人约定无效。当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。
商标侵权行为判定方法：
1.行为人主观上存在侵犯商标权的故意；
2.行为人实施了擅自使用他人注册商标、伪造或擅自制造他人注册商标等行为；
3.行为人的侵权行为导致了商标所有权人遭受实际损失。
根据《中华人民共和国商标法》第五十七条，有下列行为之一的，均属侵犯注册商标专用权：
(一)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标相同的商标的；
(二)未经商标注册人的许可，在同一种商品上使用与其注册商标近似的商标，或者在类似商品上使用与其注册商标相同或者近似的商标，容易导致混淆的；
(三)销售侵犯注册商标专用权的商品的；
(四)伪造、擅自制造他人注册商标标识或者销售伪造、擅自制造的注册商标标识的；
(五)未经商标注册人同意，更换其注册商标并将该更换商标的商品又投入市场的；
(六)故意为侵犯他人商标专用权行为提供便利条件，帮助他人实施侵犯商标专用权行为的；
(七)给他人的注册商标专用权造成其他损害的。
