医疗纠纷案件提起诉讼的方法是：
1.申请医疗事故鉴定；
2.收集相关证据；
3.向法院提起诉讼。当事人需要向法院提交起诉书，起诉书需要写明原被告、诉讼请求以及事实和理由，还要向法院提交事前准备好的证据。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
发生医疗纠纷后协商解决要注意的问题为：
1.协议应当为双方自愿，不得有欺诈、胁迫等行为；
2.协议条款不违背我国法律；
3.医患双方均有协商的意愿；
4.医患双方在各项条款上均达成一致意见；
5.患方合法主体；
6.医疗机构合法主体。
找法网提醒您，《医疗事故处理条例》第四十七条
双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
医疗纠纷的诉讼时效是三年。当事人因医疗纠纷提起诉讼的，应当递交起诉状。起诉超过诉讼时效的，义务人可以提出不履行义务的抗辩，但是人民法院不得主动适用。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
