合同纠纷案件应该的处理方式如下：
1.协商
合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2.调解
合同纠纷合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3.仲裁
合同当事入协商不成，不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4.诉讼
如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。
1.原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；
2.人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；
3.法院将原告的起诉书副本送达被告；
4.被告作出书面答辩；
5.开庭审理；
6.法院做出判决。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
合同纠纷案件的诉讼管辖的确定，对于一般的合同纠纷，管辖法院为被告住所地人民法院或者合同履行地人民法院。如果当事人签订了有效管辖协议，则根据管辖协议确定管辖法院。另外，法律对于特殊类型的合同纠纷的管辖法院有另有规定的，以法律规定为准。
找法网提醒您，根据《民事诉讼法》第二十四条因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
