1.法律上没有统一规定工程合同违约金的计算公式，工程合同的违约金由双方当事人自己协商确定，合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2.违约金的计算依据是合同总价。
3.约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
《民法典》第五百八十五条规定：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
1.按月计量支付：即实行旬末预支或月中预支，月终按工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，竣工后办理竣工结算。（指承包商可以在旬末或月中向业主提交预支工程款账单，预支一旬或半月的工程款，月终再提交工程款结算账单和已完工程的月报表，业主对这部分已完工程的质量验收合格后，向承包商及时支付当月工程款。）
2.阶段付款：即双方约定按单项工程或单位工程的形象进度划分不同阶段进行结算。如对一般工业民用建筑可以划分为基础、结构、装饰、设备安装等几个阶段。每阶段工程完工后再进行结算。高层建筑也可把每完成一层的施工作为一个结算段。公路工程也可分为基础层和面层两个结算段等。
3.竣工后一次结算：项目规模较小、工期较短（一般在１２月以内）的工程，可以实行在施工过程中分几次预支、竣工后一次结算的方法。
找法网提醒您，工程合同签订需要注意的事项如下：
1.主体资格的审查；
2.审查建设工程施工手续是否完备；
3.履约能力的审查；
4.建设工程的价款必须明确；
5.材料、设备供应条款、争议解决与工程分包条款、违约条款最好是约定清楚。
