合伙协议纠纷的处理方法如下：
1.协商解决；
2.通过第三者调解解决；
3.申请仲裁。不愿通过协商、调解解决或者协商、调解不成的，可以按照合伙协议约定的仲裁条款或者事后达成的书面仲裁协议，向仲裁机构申请仲裁；
4.诉讼途径解决。合伙协议中未订立仲裁条款，事后又没有达成书面仲裁协议的，可以向人民法院起诉。
《中华人民共和国合伙企业法》第三十三条
合伙企业的利润分配、亏损分担，按照合伙协议的约定办理；合伙协议未约定或者约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配、分担；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配、分担。
合伙协议不得约定将全部利润分配给部分合伙人或者由部分合伙人承担全部亏损。
找法网提醒，合伙协议纠纷案件的种类有以下几点：
1.要求给付合伙盈余款。主要针对合伙经营有赢利的情况，比如扣除原材料款、外加工款或人工工资，尚有盈余，此时要求按照出资比例分配利润。该类案件共有5件。
2.要求支付合伙垫付款或费用。在合伙期间未按出资比例实际支出，一方垫付款项较多，而合伙经营收入主要由另一方领取或控制，又不肯主动配合对帐清算的情形下，垫付较多一方提出主张。该类案件共计6件。
3.要求返还投资款或投资设备。合伙事项未按约开展，或者双方约定了投资款返还的条件时，原告提出该种请求，共计6件。
4.要求支付退火（股）款。该类案件共4件，合伙人退伙时，经协商订有书面协议，明确约定了另一方应当支付的款项金额，如另一方违约不履行，原告就提出该种请求。
5.要求支付合伙亏损补偿款。由于合伙经营发生亏损，一方支出相对较多，要求另一方按出资比例结算后补偿相应的差额。此类案件共有2件。
6.要求确认合伙协议无效或解除合伙协议，同时退还投资款。该种诉讼请求一般在合伙目的无法实现，或合伙主体资格及合伙内容有法律禁止性规定时，由受损相对较大一方提出主张。该类案件共有2件。
关于合伙协议纠纷的诉讼时效规定是3年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害时开始计算，权利人在诉讼时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。 诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
