建筑施工合同纠纷应当如下处理：
1.和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。
2.调解。调解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。
3.仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。
4.诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
建筑施工合同在县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案的部门备案，建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内进行。
备案的流程包括以下几项：
1.网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。
2.办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。
3.正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
找法网提醒您，建筑工程承包合同一般包括以下内容：
1.建筑工程承包的范围；
2.建设工期，包括中间交工以及工程的开竣工时间；
3.工程质量标准；
4.工程造价；
5.技术资料交付时间；
6.材料和设备供应责任；
7.拨款和结算；
8.交工验收及保修等条款。
