商标侵权案件的处理方法如下：
1.责令停止侵权。具体措施如下：
（1）责令立即停止销售；
（2）没收、销毁侵权商品；
（3）没收、销毁专门用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具。
2.处以罚款。
（1）对侵犯注册商标专用权但尚未构成犯罪的，工商行政管理机关可以根据情节处以非法经营额50%以下或侵权所获利润五倍以下的罚款；对侵权单位的直接责任人员，可根据情节处以1万元以下罚款。
（2）对以上两项处理不服的，当事人可以收到通知之日起15天内依照《中华人民共和国行政诉讼法》向人民法院起诉。逾期不起诉又不履行的，由工商管理机关申请人民法院强制执行。
3.就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解。进行处理的工商行政管理部门根据当事人的请求，可就侵犯商标专用权的赔偿数额进行调解，调解不成的，当事人可依法向人民法院起诉。
商标侵权的诉讼时效是三年。
找法网提醒您，根据《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
第一百九十七条诉讼时效的期间、计算方法以及中止、中断的事由由法律规定，当事人约定无效。当事人对诉讼时效利益的预先放弃无效。
找法网提醒您，商标侵权行为应当承担下列法律责任：
1.民事责任。侵权人应当赔偿被侵权人因侵权行为造成的损失。侵犯商标专用权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的实际损失确定；实际损失难以确定的，可以按照侵权人因侵权所获得的利益确定；权利人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该商标许可使用费的倍数合理确定。
2.行政责任。如果工商行政管理部门认定侵权行为成立的，责令立即停止侵权行为，没收、销毁侵权商品和主要用于制造侵权商品、伪造注册商标标识的工具；违法经营额五万元以上的，可以处违法经营额五倍以下的罚款，没有违法经营额或者违法经营额不足五万元的，可以处二十五万元以下的罚款。
3.刑事责任。如果侵权行为情节严重构成犯罪的，根据构成的罪名追加行为人的刑事责任。可能构成的罪名包括假冒注册商标罪；销售假冒注册商标的商品罪；非法制造、销售非法制造的注册商标标识罪。
