工程合同纠纷的解决方法：
1.可以与施工单位进行协商；
2.协商不成，可以就达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决；
3.若是没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。
工程合同无效情况下应该如下处理：
1.施工完毕且验收合格的可以按照合同约定价款或者按照实际结算，价款差额不予支付;
2.施工完毕但验收不合格的经修复验收合格按照上述办法结算，经修复验收不合格不予支付;
3.尚未施工完毕合同被确认无效的应当停止施工，视已经完成的工程量是否合格依据上述办法结算。
《民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
(一)修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用;
(二)修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。
找法网提醒您，建筑工程合同纠纷诉讼时效是三年。法律另有规定的，依照其规定。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
