非法营运应该的惩罚如下：
1.非法运营扰乱市场秩序，情节严重的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；
2.情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。
找法网提醒您，根据《道路货物运输及站场管理规定》第七十条违反本规定，有下列行为之一的，由县级以上道路运输管理机构责令停止经营;有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款;没有违法所得或者违法所得不足1万元的，处2万元以上5万元以下的罚款;构成犯罪的，依法追究刑事责任：
(一)未取得货运站经营许可，擅自从事货运站经营的;
(二)使用失效、伪造、变造、被注销等无效的道路运输经营许可证件从事货运站经营的;
(三)超越许可的事项，从事货运站经营的。
1.偷逃国家税费，损害国家利益。据不完全统计，单台“黑车”仅每年偷逃国家各种税费就达1.7976万元。
2.影响城市形象和发展。
3.造成不公平的市场竞争秩序。因其运营成本低廉，侵害了合法经营者的合法权益。
4.侵犯乘客的合法权益。
5.影响行业稳定。
6.引发社会问题。
非法营运不交罚款的后果可能会被强制缴纳，对于不能全部缴纳罚金的，人民法院在任何时候发现被执行人有可以执行的财产，应当随时追缴。
《无证无照经营查处办法》第十四条规定，对于无照经营行为，由工商行政管理部门依法予以取缔，没收违法所得；触犯刑律的，依照刑法关于非法经营罪、重大责任事故罪、重大劳动安全事故罪、危险物品肇事罪或者其他罪的规定，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，并处2万元以下的罚款；无照经营行为规模较大、社会危害严重的，并处2万元以上20万元以下的罚款。
