合作医疗有二次报销，但必须是参加了正常新农合报销之后，剩下的自付费用超出了上一年的全市农村居民年人均水平，超出的部分才可以申请二次报销。
“二次报销”是指城镇居民医疗保险或新型农村合作医疗的居民。如果上一年医疗费用高，除了正常报销外，还可以再次报大病保险，没有上限线。找法网提醒您，一般情况下，二次报销由公民所在单位报销。
参保户将报销所需资料备齐后交村（社区）合作医疗联络员由村（社区）合作医疗联络员审核后报镇合作医疗联络员在由镇联络员送区农易办结报中心进行报销。新型农村合作医疗报账指南住院报账程序：医院直接报账：因疾病住院办理住院手续时，向医院出具新型农村合作医疗证直接参与报账。镇新型农村合作医疗办公室报账：报账材料由个人拿到新型农村合作医疗办公室，由镇农医办呈报县农医办报账之后，由镇农医办电话通知前来领取报销费用。所需材料：出院证、正式发票、费用清单、户口本、身份证、农村合作医疗证。外地住院，还需备齐：住院小结、住院首次病程记录、出院记录。区外住院，还需备齐：入院记录、出院记录。
二次报销是有时间限制的，一般在出院后半年内也就是六个月的时间，就应该申请二次报销。超过这个时间，会导致不能进行二次报销。半年的时间是非常充裕的，建议用户在出院后，及时申请二次报销。毕竟时间拖得越久，发票、就诊证明、住院证明等资料容易遗失，缺少报销材料会影响到二次报销。
