企业申请破产以后债务该由公司来偿还。因为公司有法人财产权。根据相关法律规定，股东若是如实出资，且没有滥用公司的法人地位并依法清算，则不用对公司的债务承担责任。
《中华人民共和国公司法》第三条【公司界定及股东责任】公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
一般来说，企业破产清算程序主要是：
1.成立清算组；
2.整理公司财产及债权权债务；
3.设立清算账户；
4.处理与清算相关的公司未了结的业务，收取公司债权；
5.参与公司的诉讼活动；
6.处理公司财产；
7.制定清算方案；
8.确认并实施清算方案；
9.提交清算报告后办理注销登记；
《中华人民共和国公司法》第一百八十三条的规定，公司因法定事由而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
找法网提醒您，公司破产可以强制执行，但需要瑕疵股东以其抽逃出资额为限对公司债务负责。公司破产后公司按照法定清偿顺序清偿后不再负清偿责任，但是股东出资有瑕疵的以其出资瑕疵范围对债务连带赔偿责任。
《中华人民共和国公司法》第一百八十七条清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
