申请个人所得税退税没有影响，退税是纳税人的合法权益，应当根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定来办理退税：
第五十一条 纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还;纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还;涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。
第五十二条 因税务机关的责任，致使纳税人、扣缴义务人未缴或者少缴税款的，税务机关在三年内可以要求纳税人、扣缴义务人补缴税款，但是不得加收滞纳金。
资超过5千元以上要交个人所得税。目前国家的最低个税起征点是5000，通常情况下，个人月薪扣除三险一金后，超过5000元的，就要交个人所得税。
新个税法规定：居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
找法网提醒您，起税点，又称“征税起点”或“起征点”，是指税法规定对征税对象开始征税的起点数额。征税对象的数额达到起征点的就全部数额征税，未达到起征点的不征税。
1.省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金;
2.国债和国家发行的金融债券利息;
3.按照国家统一规定发给的补贴、津贴;
4.福利费、抚恤金、救济金;
5.保险赔款;
6.军人的转业费、复员费;
7.按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费;
8.依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得;
9.中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得。
