土地转让协议违约金的约定方式可以由双方约定。但最高不得超过所遭受损失30%，超过30%的，可以请求法院适当予以减少。
如果合同当事人在合同中没有约定违约金的，违约金等于违约所造成的实际经济损失。
找法网提醒您，根据《民法典》第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
土地转让协议首先应当写明土地永久转让协议书标题，其次注明转让方和受让方、转让地块名称、转让的期限、转让费、转让土地的交付时间和方式、转让和使用的特别约定、违约责任、争议条款、生效条件以及其他条款，最后甲乙方盖章，填写签约日期。
《民法典》第四百七十条 合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
土地转让纠纷诉讼时效是三年，诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。在法律规定的诉讼时效期间内，权利人提出请求的，人民法院就强制义务人履行所承担的义务。而在法定的诉讼时效期间届满之后，权利人行使请求权的，人民法院就不再予以保护。值得注意的是，诉讼时效届满后，义务人虽可拒绝履行其义务，权利人请求权的行使仅发生障碍，权利本身及请求权并不消灭。
