公司罚款员工1000元是不合法的。因为该公司不具有罚款的权利。但若劳动者因本人原因导致公司遭受损失的，可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可以保留当地最低工资标准为限，从劳动者本人的工资中扣除。
《中华人民共和国行政处罚法》第七条公民、法人或者其他组织对行政机关所给予的行政处罚，享有陈述权、申辩权；对行政处罚不服的，有权依法申请行政复议或者提起行政诉讼。公民、法人或者其他组织因行政机关违法给予行政处罚受到损害的，有权依法提出赔偿要求。
公司罚款可以劳动仲裁。根据相关法律规定，发生劳动争议，不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。因此公司罚款可以劳动仲裁。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
找法网提醒您，公司扣工资申请仲裁时效为一年。但是，在有些情况下，一年的时效期间还不能保护劳动者的合法权益。如在有的行业，尤其是建筑业，拖欠工资问题比较突出，工人的劳动报酬很多到年底才结算;还有些劳动者为了维持劳动关系，在劳动关系存续期间对用人一单位拖欠劳动报酬的行为不敢主张权利。如果都适用一年的仲裁期间，不利于保护他们的合法权益。
