老板扣工资不一定合法。但有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
1.用人单位代扣代缴的个人所得税;
2.用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
3.法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
4.法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
公司扣员工工资的举报方式是劳动者可以向劳动保障监察部门举报，由劳动保障行政部门责令用人单位支付工资。
并且拖欠工资属于民事纠纷，劳动者也可以向人民法院提起民事诉讼，维护自己的权利。
找法网提醒您，根据《劳动保障监察条例》第三十六条第一款第一项规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；
逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。
仲裁时效期限为一年的时间。拖欠工资引起的劳动争议适用劳动仲裁前置，对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受仲裁时效期间的限制。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第四十八条劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
