员工违纪，公司可以按照以下方式处理：
1.行政处分：警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除;
2.辞退（解除劳动合同）：即时辞退（因严重违纪而辞退）、预告辞退;
3.除名：是只适用于劳动者无故连续旷工15天或一年内累计旷工30天而作的行政处理;
4.承担经济责任：扣工资不超过20%。
员工违纪致公司损失的，公司可以依法解除劳动合同辞退员工。因为员工提出辞职时，公司要开具离职证明，但是，员工违纪具有过错，所以有些人以为开具离职证明会受限制。那么，可以先确定离职证明开具的情况。
首先，不管是员工提出辞职，还是员工违纪被辞退，公司都要按规定开离职证明。
并且，因为员工违纪提出解除劳动合同，公司也不能限制提供证明。否则的话，属于违反劳动法律规定，要承担以下的法律责任：
1.承担行政责任，由劳动行政部门责令改正；
2.承担赔偿责任，给劳动者造成损害的，需承担赔偿责任。
其次，虽然是员工违纪导致难以继续维持劳动关系，但是公司开具离职证明时，不能写明员工违纪等不利于其再就业的内容。
找法网提醒您，一般公司开具离职证明要写明以下内容：
1.劳动合同期限；
2.解除或者终止劳动合同的日期；
3.工作岗位；
4.在本单位的工作年限。
最后，若是公司在离职证明中写了员工违纪等客观事实，并导致员工遭受损失的，可以积极按以下处理：
1.去劳动监察部门投诉；
2.去劳动仲裁委员会申请仲裁；
3.去法院起诉处理。
1.违反劳动纪律，经常迟到、早退、旷工、消极怠工，没有完成生产任务或工作任务的。
2.无正当理由不服从工作分配和调动、指挥，或者无理取闹，聚众闹事，打架斗殴，影响生产秩序、工作秩序和社会秩序的。
3.玩忽职守，违反技术操作规程和安全规程，或者违章指挥，造成事故，使人民生命、财产遭受损失的。
4.工作不负责任，经常生产废品，损坏设备工具，浪费原材料、能源，造成经济损失的等等。
